Seit Juli 2019 zählt der 48-Jährige als Athletik- und Reha-Coach zum Trainerstab von Borussia Dortmund.

Von 2006 bis 2013 arbeitete Johannes Wieber parallel für den DFB, wo er die U21-Auswahl betreute, und für die SpVgg. Unterhaching, von 2013 bis 2019 bei Bayern München im Nachwuchsbereich (U19 / U23). Seit Juli 2020 verantwortet er den Bereich Athletik und Rehabilitation bei Borussia Dortmund.

Der 48-Jährige beschreibt seine Aufgabe unter anderem darin, die Profis „in den Bereichen Kraft, Ausdauer, Schnelligkeit, Explosivität, Beweglichkeit fußballspezifisch vorbereiten“ und zudem präventiv mit ihnen zu arbeiten, um drohenden Verletzungen vorzubeugen. Wieber koordiniert den Gesamtbereich Athletik. Damit die Profis möglichst mit Spaß auch in einem Segment arbeiten, das früher als „Kondition“ beschrieben wurde, „versuchen wir, möglichst viel mit Ball in komplexen Spielsituationen abzudecken“.