Die Zeit des „Wirtschaftswunders“ war auch die Zeit des BVB. Zu den beiden Meisterschaften in der zweiten Hälfte der 50er Jahre kamen im „goldenen Jahrzehnt“ eine weitere Schale, der erste Pokal und der erste Triumph einer deutschen Elf im Europapokal hinzu.

1961 schaffte Borussia zum vierten Mal den Einzug ins Endspiel. Eine stark verjüngte Elf war gegen den 1. FC Nürnberg allerdings chancenlos und unterlag glatt mit 0:3. Hermann Eppenhoff übernahm und führte Max Merkels Arbeit mit dem Einbau junger Spieler ( „Hoppy“ Kurrat, Charly Schütz, Timo Konietzka und Lothar Emmerich) erfolgreich fort. Borussia wurde 1963 im Westen Zweiter, schaffte aber in der Endrunde den Einzug ins Finale und gewann das letzte Endspiel um die Deutsche Meisterschaft in Stuttgart mit 3:1 gegen den 1. FC Köln. Zum Start der neuen Bundesliga erzielte der Dortmunder Timo Konietzka das allererste Tor. Im Europapokal drang der BVB nach einem Husarenstück gegen Benfica Lissabon bis ins Halbfinale vor, wo er dem späteren Titelträger Inter Mailand unterlag.

1965 standen die Schwarzgelben zum zweiten Mal nach 1963 (0:3 gegen den HSV) im Endspiel um den DFB-Pokal und zogen nun nach einem 2:0 über Alemannia Aachen in den Europapokal der Pokalsieger ein. Hier schalteten sie im Viertelfinale Atlético Madrid sowie im Halbfinale West Ham United aus und schrieben am 5. Mai 1966 Fußball-Geschichte: Als erste deutsche Mannschaft gewannen sie einen Europapokal. Die Mannschaft um Kapitän Wolfgang Paul triumphierte im Pokalsieger-Wettbewerb mit 2:1 nach Verlängerung über den FC Liverpool. Siggi Held und Stan Libuda mit einer „Bogenlampe“ in der 107. Minute machten den Triumph perfekt.

Nach der Vizemeisterschaft 1966 und Platz drei im Jahr darauf begann ein schleichender Absturz. 1968 nur Vierzehnter, konnte in der Saison darauf der drohende Abstieg erst am letzten Spieltag verhindert werden.