Die großen sportlichen Erfolge der 90er Jahre waren wirtschaftlich kaum refinanzierbar. Die teure Mannschaft und noch mehr der Ausbau des Stadions in drei Bauabschnitten brachten Borussia Dortmund an den Rand der Insolvenz. Haarscharf gelang die Rettung.

1999/2000 war es zudem auch sportlich eng geworden. Matthias Sammer, der im Oktober 1997 sein letztes Spiel bestreiten konnte, und Udo Lattek mussten die Mannschaft vor dem Abstieg retten. Das Team wurde erneut teuer verstärkt, holte 2002 an den finalen drei Spieltagen fünf Punkte auf Leverkusen auf und gewann die Deutsche Meisterschaft. Das UEFA-Pokal-Endspiel ging unglücklich mit 2:3 gegen Feyenoord Rotterdam verloren.

Am 22. Dezember 2003 deckten die Journalisten Thomas Hennecke (kicker) und Freddie Röckenhaus (Süddeutsche Zeitung) die Finanzkrise des BVB auf. Unter der Führung von Dr. Gerd Niebaum hatte der Klub Verbindlichkeiten in Höhe von 118,9 Millionen Euro angehäuft. Im November 2004 übernahm Dr. Reinhard Rauball erneut das Präsidenten-Amt, gemeinsam mit dem neuen Geschäftsführer der KGaA, Hans-Joachim Watzke, konnte im Frühjahr 2005 die drohende Insolvenz abgewendet und die Konsolidierung eingeleitet werden.

Sportlich spielte der BVB längst nicht mehr die erste Geige. Über Rang drei (2003) ging es über die Plätze sechs und zweimal sieben sowie neun runter auf 13 zum Ende der Spielzeit 2007/2008. Allerdings gelang in jenem Jahr erstmals seit 1989 der Einzug ins Pokalfinale, das knapp mit 1:2 n.V. gegen Bayern München verloren ging.

DER sportliche Glücksgriff war dann die Verpflichtung von Jürgen Klopp als Cheftrainer zur Saison 2008/2009. Die Erfolgsstory starte allerdings mit einer (kleinen) Enttäuschung: Erstmals in der Liga-Geschichte reichten 59 Punkte nicht zur Teilnahme am Europapokal. Der BVB verpasste am letzten Spieltag mit einem 1:1 in Gladbach Platz fünf